全く使っていなかったBuild Windowを触ってみました。
Build Windowを利用するとUnityからHoloLensに直接デプロイできます。Visual Studioを立ち上げなくてよいので手早く実機確認したい場合などに便利だと思います。
確認環境：
Unity 2017.1.1f1
HoloToolkit-Unity-v1.2017.1.1.unitypackage
Build Window操作
Unityのメニュー「HoloToolkit –> Build Window」を選択すると以下画面が表示されます。
まず、[Open Player Settings]を選択し、開いた画面でCertificateをCreateします。
以下のウィンドウが表示されるので任意の値を設定しCreateします。（パスワードは空でも大丈夫なようです）
すると、Asset直下にWSATestCertificate.pfxファイルが作成されます。
Build WIndowに戻り[Select Certificate]を選択し作成したWSATestCertificate.pfxを選択しパスワードを入力します。
これでアプリをビルド、デプロイできる状態になります（無効になっていた[Build SLN, Build APPX, then Install]ボタンが選択できるようになる）。
いくつかある設定項目についてはお好みの設定で大丈夫だと思いますが、今回はUnity C# Projectsにチェックを入れ、Build ConfigurationをRELEASEに変更しました。
この状態で[Build SLN, Build APPX, then Install]を選択すると、画面下にInstallボタンが表示されます。
デバイスポータルに接続するときのUsernameとPasswordを入力し、Installボタンを押せばデプロイ完了です！
補足
以下赤枠の部分が無効となり選択できない状態になる場合がありましたが、この場合USBを接続しなおすことで選択できるようになりました。
